Kiến trúc thời Lê Sơ bị bó hẹp trong những quy tắc chặt chẽ do triều đình quy định phỏng theo các thể thức của Trung Hoa nhưng đồng thời chịu ảnh hưởng của tư tưởng Nho giáo (lúc này đã chiếm vị trí tư tưởng độc tôn của Nhà nước) phải thanh liêm, cần kiệm nên ngay cả các kiến trúc của cung đình, lăng tẩm cũng rất giản dị với quy mô vừa phải. Di tích chùa tháp và điêu khắc Phật giáo thời Lê Sơ vốn đã không phát triển do Phật giáo mất vị trí chủ đạo trong đời sống xã hội nên đến nay gần như không còn lại gì. Các tháp chùa thời Lê Sơ tồn tại đến nay chỉ là các tháp mộ rải rác ở các chùa, trong đó nổi bật là: Tháp Huệ Quang chứa xá lị Trần Nhân Tông với bức tượng cao 62 cm có hoa văn chuyển tiếp từ phong cách Trần sang phong cách Lê ở chùa Hoa Yên.[35]

Sang thời Mạc, dù Nho giáo vẫn chiếm vị trí chính thống trong dòng tư tưởng triều đình với hàng loạt các khoa thi Tiến sĩ được tổ chức, thì Phật giáo thay vì phát triển phát triển tư tưởng lại chỉ trở thành một cứu cánh về tinh thần, niềm tin đơn thuần cho con người. Nho giáo và chế độ phong kiến trung ương tập quyền đã thể hiện sự bất lực trong giải quyết các cuộc khủng hoảng của xã hội cũng như mâu thuẫn giai cấp nông dân - địa chủ bắt đầu xuất hiện. Đây là thời điểm hình thành các thiết chế làng xã và các ngôi chùa gắn liền với cộng đồng làng xã. Do chiến tranh liên miên với tập đoàn Lê-Trịnh và việc Chúa Trịnh cho phá Dương Kinh nên các di sản kiến trúc của nhà Mạc để lại cũng không còn nhiều, tuy nhiên với nhiều công trình ở làng xã có khắc niên hiệu của nhà Mạc trên cấu kiện kiến trúc đã giúp các nhà nghiên cứu định hình phong cách nghệ thuật Việt Nam thời Mạc.[36]

Bắt đầu từ thời Mạc xuất hiện phong trào hoàng thân quốc thích, quý tộc bỏ tiền của, công sức ra tôn tạo một ngôi chùa nhất định ở làng xã. Những cá nhân này thường được ghi lại tên tuổi trong văn bia và được tạc tượng thờ trong chùa. Nhiều người trong số đó có tháp mộ ở lại chùa như tháp mộ bà chúa Mạc ở chùa Phổ Minh.[37]

Thời Lê Trung Hưng là giai đoạn kiến trúc cổ Việt Nam đạt đến đỉnh cao hoàn thiện nhất về thẩm mỹ cũng như quy thức, đặc biệt là kiến trúc Phật giáo. Việc các ngôi chùa được các cá nhân thuộc giới quý tộc bảo trợ đã trở thành phong trào phổ biến. Đặc biệt là các nữ quý tộc mà đa phần là cung phi của vua Lê, chúa Trịnh. Tuy vậy, ngôi chùa vẫn thuộc về làng xã, địa phương chứ không có quy mô như "chùa của quốc gia" (quốc tự) ở các triều đại trước.[38][39]

Ngôi chùa Đàng Ngoài thời Lê Trung Hưng đã thống nhất về quy thức kiến trúc, chùa được xây trên mặt bằng hình chữ nhật, từ ngoài vào là 9 khối kiến trúc nằm ngang xen lẫn với vườn cây và hồ nước, lần lượt gồm: tam quan, gác chuông, tiền đường, thượng điện, Tích Thiện am, nhà chung, phủ thờ, hậu đường và tháp mộ. Như vậy kiến trúc tháp thời kỳ này chủ yếu tồn tại ở dạng tháp mộ, nằm ở sau cùng khuôn viên chùa. Đặc biệt, tháp thời kỳ này có một thành phần kiến trúc với kết cấu và bố cục hoàn chỉnh là Cửu Phẩm Liên Hoa.[40]

Ở Đàng Trong, các chúa Nguyễn đều sùng Phật. Nhiều chùa chiền đã được xây dựng dưới thời các chúa Nguyễn. Ngay từ lúc mới vào trấn thủ đất Thuận Quảng, Nguyễn Hoàng đã cho xây dựng chùa Thiên Mụ trên đồi Hà Khê (nay là phường Hương Long, Huế) năm 1601 và một loạt các chùa Sùng Hóa (Chiêm Ân, Phú Vang), chùa Bửu Châu (Trà Kiệu, Quảng Nam), chùa Kính Thiên (Thuận Trạch, Quảng Bình), chùa Long Hưng (dinh Quảng Nam). Sau đó liên tục trong các thế kỷ XVII, XVIII, chùa chiền đã mọc lên khắp xứ Đàng Trong, lan rộng cho đến lưu vực sông Cửu Long. Tuy nhiên các ngôi chùa cổ giai đoạn này đến nay đã đổ nát hoặc đã trùng tu qua nhiều đời, không còn lại dấu vết gì của hình dáng nguyên bản.[41]